1、长时间放置食物滋生细菌。烧杯中适宜的温度和湿度容易引起细菌滋生，从而引起胃肠道功能失调，不建议食物，尤其是熟食长时间放置。所以使用焖烧杯烹饪的食物不建议长时间放置，尽早吃掉噢，以免引起疾病。
2、不能保证将食物煮熟。这个温度也就是食材理论上能达到的最高的温度，根据你放的食材的种类和量会有比较大的差别，也和你的水温有关。粗糙算了一下，如果用来焖饭的话，加入米和95度左右的开水(一般开水的温度)，不考虑散热，最终也就能达到65度左右。如果你之前忘了预处理用热水烫杯子，温度则会更低。
3、不适合宝宝食物的烹调。另外一个问题在于，儿童尤其是婴儿的消化能力还没有发育完全，因此食物烹调加工的另外一个重要目的——将食材改造的更容易消化吸收就很重要了，尤其是对于中国人这样不擅长生食的高级民族而言。在给孩子添加辅食的时候，有一条原则家长比较熟悉，就是熟比生好。烹调熟的食物因为更软，所以更容易咀嚼消化。
4、维生素损失较多。杯做的粥口感差些，但重要的是焖的时间长了，b族维生素损失较多，大米泡的时间越长，损失维生素越多。